地上權補償費之計算方式如下：（參閱大眾捷運系統工程使用土地上空或地下處理及審核辦法第10條）
1. 穿越土地之上空者： 地上權補償費＝徵收補償地價×穿越地上高度補償率
2. 穿越土地之下方者： 地上權補償費＝徵收補償地價×穿越地下深度補償率
備註：
1. 穿越土地面積：即公告之穿越空間範圍，經轄區地政事務所辦理地籍逕為分割後之面積。
2. 穿越地上高度補償率（如圖❶）
3. 穿越地下深度補償率（如圖❷）