91年7月臺北縣政府為辦理「民間參與台北捷運系統環狀線計畫」可行性研究、先期規劃及配合辦理臺北縣境內捷運規劃、建設相關業務，特以任務編組方式於交通局內成立捷運組，茲因環狀線第一階段路線於93年3月26日經行政院原則同意在案，考量接續將辦理總顧問招標、工程督核等業務，故於94年1月3日成立二級機關「臺北縣捷運工程隊」，嗣後因「地方制度法」於96年5月23日修正公布第4、7條條文，臺北縣政府遂進行組織調整，原所屬二級機關臺北縣捷運工程隊於96年10月1日整併入臺北縣政府交通局成立「軌道工程科」。又為推動所轄捷運建設業務，成就捷運三環三線之願景，遂於102年1月1日在新北市政府交通局下設二級機關「新北市政府捷運工程處」。

新北市政府積極因應推動三環三線，除了當時即將完工的機場線外，考量環狀線第一階段、萬大線第一階段正在施工，而新北市政府主辦之淡海輕軌、捷運三鶯線及安坑輕軌亦已奉行政院核定，各捷運工程將全面迅速展開，後續亦將持續推動五股泰山線、淡海輕軌沿伸八里線、深坑輕軌等計畫，本市捷運業務量大幅增加，爰於105年1月1日併由二級機關捷運工程處升格改制為一級機關捷運工程局。

組織編制架構

本局職掌大眾捷運規劃、工程、設備、用地及財務等業務，置局長、副局長、總工程司、主任秘書、專門委員，並設7科(綜合規劃科、土木建築科、工程管理科、技術發展科、機電系統科、土地開發科、資財管理科)、4室(秘書室、會計室、人事室及政風室)，需用員額由原捷運工程處編制員額100人移撥併入「新北市政府捷運工程局」，編制員額180人。